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L' Interzione Tunguska è un processo che modifica e riassembla i Nano Catalizzatori delle Nanotute per trasformarli in vettori anti-alieni. Questi ultimi sono stati inseriti nelle Torri di Dispersione per diffondere un' epidemia trai Ceph . La Nanotuta di Alcatraz cerca di completare questo processo sin dall' inizio di Crysis 2 , ma non può, poichè manca la parte più importante per completare la trasformazione, miscela che è, appunto, l' Interazione. Alla fine è Hargreave che dà questa miscela ad Alcatraz, che, iniettandosela, riesce ad iniziare il processo per la trasformazione del Virus Manhattan. Il processoviene completato in breve e alla fine è grazie a quel composto che il sistema Ceph viene corrotto e distrutto. Come sappiamo però questo è avvenuto solo a New York e non in tutto il resto del mondo.